A trama é basicamente um "prequel" de Resident Evil, se passa um dia antes do primeiro episódio da série, quando o Bravo Team é mandado para a região das montanhas Arklay. Os integrantes do time - que todos que já jogaram Resident Evil conhecem: o capitão Enrico Marini, Forest Speyer, Richard Aiken, Kenneth Sullivan, Rebecca Chambers, o até então misterioso Edward Dewey e o co-piloto citado em Resident Evil Rebirth, Kevin - partem de helicóptero, e, como todos nós sabemos, ele cai na floresta, assim que o motor começa a pifar. Inesperadamente, nota-se um trem parado em meio ao matagal, e no momento em que vão investigá-lo, o pesadelo daquela noite começa.
A personagem principal da trama é a recruta de apenas 18 anos, Rebecca Chambers, formada em bioquímica. A primeira missão de Rebecca é encontrar o fugitivo Billy Coen, um perigoso homem que foi condenado por matar 23 pessoas, e assim que os dois se encontram é que a aventura realmente tem início.

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